カラム
試料を注入するたびにカラム圧力が徐々に上昇するときの一つの原因に試料中の微粒子がカラムのフリットに目詰まりすることがあります。このような場合は、プレカラムフィルタが有効です。インジェクタとカラムの間に接続して、時々ライン圧力をチェックしながら、圧力が上昇したときにフィルタを交換します。ステンレス配管系のときはステンレス製プレカラムフィルタが適していますが、PEEK配管系のときはPEEK製でもステンレス製でも使用できます。
メインカラムに不可逆的吸着を起こしやすい高分子物質（タンパク質やDNA、糖質など）は、圧力上昇や分離異常の原因になりがちです。またこれらが吸着したときは、一般に洗浄によるカラム性能の回復が困難です。カラムに吸着しやすい生体試料を注入する場合、ガードカラムはメインカラムを保護する役割を持っています。
試料中に微細な不溶物が存在したまま注入を繰り返すと、カラムの圧力上昇の他、インジェクタや配管系、検出セルに吸着などのトラブルが発生する場合があります。試料を注入する前には、できるだけろ過処理をすることをお勧めします。
また、試料前処理カートリッジ (SPE) は試料中の夾雑物などの不純物を除去したり、試料の濃縮を行う際に便利です。
